肛门检查一般可以采用肘膝位，弯腰位，左侧卧位，仰卧位或截石位或是蹲位进行,包括视诊和触诊，视诊就是观察肛门周围有无脓血，脓性分泌物，肛门周围粘膜有无苍白，肥厚，上皮脱落现象，有无充血，水肿，有无瘘管口，有无外痔及皮疹等。
触诊时医师右手示指戴指套或手套，并涂以适量润滑剂，如肥皂液，凡土林，液体石腊等。先将探查的示指置于肛门外口轻轻按摩，等病人适应且肛门括约肌放松后，探查示指再徐徐插入肛门，直肠内，不可以指尖直接插入肛门，以免发生疼痛和肛门括约肌收紧。
先检查肛门及括约肌的紧张度，再查肛管及直肠的内壁。在检查过程中应注意被检查者的表情，并询问有无不适或疼痛。注意粘膜是否光滑，有无肿块及搏动感。男性还可触诊前列腺与精囊，女性则检查子宫颈，子宫，输卵管等，必要时配用双合诊。正常人，直肠指诊可感轻度不适，但无痛感。
